I fiumi del Giappone sono caratterizzati dalla lunghezza relativamente breve e dal corso assai ripido a causa della topografia della zona, stretta e montagnosa. Una citazione che viene spesso riportata è "non è un fiume, ma una cascata" pronunciata dall'ingegnere olandese (o-yatoi gaikokujin) Johannis de Rijke che visitò il Joganji, nella prefettura di Toyama.
Il Mogami, il Fuji e il Kuma sono considerati i tre fiumi del Giappone con il maggior numero di rapide, e quindi più "turbolenti".
I fiumi tipici del Giappone sorgono da foreste montane e tagliano profonde valli a V nelle loro parti più alte, mentre formano pianure alluvionali alle loro altitudini più basse che permettono ai giapponesi di coltivare campi di riso e di stabilirvi villaggi e città. La maggior parte dei fiumi sono utilizzati per garantire sia acqua che elettricità.
Il fiume più lungo del Giappone è lo Shinano, che scorre da Nagano a Niigata. Il Tone ha la più grande massa d'acqua e garantisce l'acqua a più di 30 milioni degli abitanti metropolitani di Tokyo.