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Giovanni Battista Sidoti (Palermo, 22 agosto 1667 – Tokyo, 27 novembre 1714) è stato un missionario italiano. Durante il periodo Edo entrò illegalmente in Giappone per predicare il Cristianesimo, fu arrestato e tenuto in cella fino alla sua morte.
Un importante studioso e politico dell'epoca, Arai Hakuseki, pubblicò una delle sue opere più note, il Seiyō Kibun, sulla base delle conversazioni avute con Sidotti.