Giovanni Nesi (Firenze, 14 gennaio 1456 – Firenze, 1506) è stato un filosofo italiano.
Figlio di Francesco di Giovanni e di Nera di Giovanni Spinelli, si dedicò interamente agli studi letterari. Strinse stretti rapporti con i principali umanisti fiorentini dell'epoca, tra cui Donato Acciaiuoli e Marsilio Ficino. Influenzato dall'operato di Girolamo Savonarola, ricoprì anche diverse cariche politiche.