L'idrografia di Milano e della zona dei comuni confinanti è particolarmente complessa, sia per cause naturali, vista la cospicua presenza di fiumi, torrenti e fontanili che formano un vero e proprio groviglio idrico, sia per questioni legate ai lavori di canalizzazioni e di deviazione dei corsi d'acqua eseguite dall'uomo, aventi il proprio inizio durante l'epoca romana, che hanno portato alla realizzazione di numerose rogge, canali e laghi artificiali.
Il territorio di Milano è ricchissimo d'acqua, visto che la città si trova sulla "linea dei fontanili", laddove vi è l'incontro, nel sottosuolo, tra strati geologici a differente permeabilità, situazione che permette alle acque profonde di riaffiorare in superficie, soprattutto nell'area sud ovest di Milano, dove la composizione del terreno unitamente al livello della falda ne permette la risalita. La prima descrizione dell'idrografia di Milano è stata fatta da Bonvesin de la Riva, scrittore e poeta italiano vissuto a cavallo tra il XIII e il XIV secolo.
I corsi d'acqua più importanti che interessano Milano e la sua area metropolitana sono i fiumi Lambro, Olona e Seveso, i torrenti Bozzente, Garbogera, Lura, Merlata e Pudiga, i canali navigabili Naviglio della Martesana, Naviglio Grande, Naviglio Pavese, Naviglio di Bereguardo, Naviglio di Paderno e Vettabbia, e i corsi d'acqua artificiali Canale Ticinello, Canale Vetra, Cavo Redefossi, Cavo Ticinello e Lambro Meridionale. A Milano sono anche situati due importanti bacini artificiali, la Darsena di Porta Ticinese e l'Idroscalo di Milano.
Tra le architetture degne di nota ad essi collegati, ci sono svariate conche di navigazione (tra cui la conca dell'Incoronata, la conca di Viarenna, la conca Fallata e la conchetta), alcuni mulini ad acqua (tra cui Molino Dorino e Mulino Vettabbia) e il ponte delle Gabelle.