Khoisan è il termine con cui si designano collettivamente i due gruppi etnici principali dell'Africa meridionale, i khoi e i san. Sebbene i san (detti anche "boscimani") siano principalmente cacciatori-raccoglitori e i khoi (detti anche "ottentotti") principalmente pastori, questi due gruppi sono fisicamente e culturalmente affini. Si ritiene che il gruppo khoi si sia separato dai san proprio con l'adozione dell'allevamento, pratica che essi avrebbero quasi certamente mutuato dalle vicine popolazioni bantu. Anche le lingue e i dialetti parlati da questi due popoli appartengono evidentemente a un unico gruppo, detto gruppo delle lingue khoisan; esse sono caratterizzate dalle tipiche consonanti col suono di "clic", rappresentate nell'alfabeto occidentale con simboli come "/" e "|" (vedi per esempio //hus, il mancala tipico della Namibia).
La storia dei khoisan è profondamente legata a quelle delle popolazioni bantu che in diverse epoche migrarono dall'Africa tropicale verso sud. In particolare, gli xhosa e gli zulu furono i due principali gruppi bantu a colonizzare il Sudafrica. Se in molti casi l'arrivo dei bantu costrinse i khoisan a migrare dalle loro terre, in altri casi si ebbe convivenza e scambio culturale, e oggi le etnie bantu e khoisan mostrano diversi tratti culturali in comune. I khoisan tendono a essere insediati nelle regioni meno idonee all'agricoltura, non adatte all'economia bantu; per esempio, intorno al Kalahari, in Sudafrica e in Namibia.
Tutte le lingue Khoisan tranne due sono indigene dell'Africa meridionale e appartengono a tre famiglie linguistiche. La famiglia Khoe sembra che sia migrata a sud dell'Africa non molto prima dell'espansione Bantu. Etnicamente, i suoi parlanti sono i khoikhoi e i san (boscimani).
Due lingue dell'Africa orientale, quelle dei sandawe e hadza, originariamente erano anche loro classificate come Khoisan, nonostante coloro che le parlano non siano etnicamente né khoikhoi né san.