In biologia per lume (dal latino lūmĕn, «luce, apertura»[1]) si intende una cavità anatomicamente delimitata dal complesso dei tessuti che costituiscono un organo detto appunto "cavo", come ad esempio l'intestino (lume intestinale), lo stomaco (lume gastrico) o i vasi sanguigni (lume vascolare). Per estensione il termine viene altresì utilizzato per riferirsi al compartimento interno di una cellula (lume cellulare) o di un singolo organulo (ad esempio il lume del reticolo endoplasmatico)[2].
In particolare, la presenza di compartimenti delimitati da membrana risolve molte problematiche rilevanti per la cellula. Nel lume di ogni organulo sono confinati specifici enzimi, substrati e ioni e avvengono reazioni a volte incompatibili o dannose per il resto della cellula.[3]