Le micotossine, nel loro significato letterale e più generale, sono sostanze chimiche tossiche prodotte da funghi.
Alcune micotossine (amanitina, muscarina, ecc.) sono responsabili dei fenomeni di avvelenamento causati dal consumo di alcune specie di macromiceti, cioè di "funghi" nell'accezione comune del termine. Altre micotossine (aflatossine, tricoteceni, fumonisine, ecc.) sono prodotti da muffe e altre specie microscopiche, e sono responsabili di fenomeni di tossicità acuta e cronica, a causa della diffusione di queste come contaminanti di alimenti o, più raramente, ambientali: quando si parla di "micotossine" nel settore mangimistico e cerealicolo, di solito si fa riferimento solo a questo gruppo di micotossine, che si possono accumulare come prodotti secondari di muffe dei generi Aspergillus, Penicillium e Fusarium che contaminano le colture o le derrate alimentari.
Ogni anno si registrano numerosi casi di avvelenamento da funghi dovuti spesso a un'errata identificazione micologica di specie spontanee raccolte e mangiate. Pertanto chi opera nel campo micologico, sia per motivi di studio, sia per pura passione hobbystica, non può ignorare l'aspetto tossicologico di alcune specie fungine. Per coloro che si dilettano a raccogliere funghi spontanei diventa un obbligo adottare una certa cautela nel consumare specie poco note e, laddove necessario, ricorrere alla consulenza di un esperto micologo per l'esatta identificazione botanica. Per i raccoglitori inesperti, infatti, non ci sono differenze tra specie velenose e no e, nonostante vecchie e infondate credenze popolari, non esiste una regola generale per poter distinguere i funghi commestibili da quelli velenosi, bisogna conoscerli esattamente per genere e specie, e nel dubbio astenersi dall'uso alimentare. Gli avvelenamenti da funghi di solito si manifestano attraverso una molteplicità di sintomi, secondo la quantità e le specie consumate. Dal momento che la chimica di alcune tossine fungine, soprattutto quelle non mortali, è ancora sconosciuta e un'identificazione certa dei funghi molto spesso è difficile o addirittura impossibile, gli avvelenamenti possono essere classificati in base ai loro effetti tossicologici. È possibile mettere in relazione i vari tipi di avvelenamento con le specie e i principi attivi responsabili. Altro tipo di avvelenamenti, spesso con conseguenze gravi e mortali è dato dalla cattiva conservazione degli alimenti, funghi macroscopici compresi, che porta allo sviluppo di muffe e lieviti tossici primo fra tutti, per potenziale pericolosità, il genere Aspergillus, con effetti mutageni e cancerogeni per l'uomo e gli animali.
Le tossine fungine possono essere raggruppate in quattro categorie in base al loro meccanismo d'azione: