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La micropaleontologia è una disciplina delle Scienze della Terra, specializzazione della paleontologia, che studia i microfossili, fossili di dimensioni così piccole da dover essere esaminati al microscopio, e provviste di strutture esterne contenenti minerali. Alla micropaleontologia può essere associata anche la palinologia, disciplina che si interessa ai palinomorfi, microfossili con pareti esterne organiche, prive di minerali.
È una disciplina che trova numerose applicazioni, soprattutto nella micropaleontologia applicata alla ricerca petrolifera, agli studi cronostratigrafici e nelle ricostruzioni paleogeografiche e paleoclimatiche.