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Il microscopio elettronico è un microscopio che utilizza come radiazione gli elettroni anziché la luce, utilizzata nel tradizionale microscopio ottico. Fu inventato dai tedeschi Ernst Ruska e Max Knoll nel 1931.
Si basa sul fatto che il potere di risoluzione è inversamente proporzionale alla lunghezza d'onda della radiazione utilizzata, che è minore per un fascio di elettroni rispetto a uno di fotoni, permettendo un guadagno di parecchi ordini di grandezza.