Le tre repubbliche baltiche furono poi annesse all'URSS come repubbliche socialiste nell'agosto 1940, anche se la maggior parte delle potenze e delle nazioni occidentali non riconobbe mai l'incorporazione come legittima.[3][4] Il 22 giugno 1941, la Germania nazistadichiarò guerra all'URSS e, nel giro di poche settimane, occupò i territori baltici. Nel luglio 1941, il Terzo Reich incorporò le regioni appena conquistate nel Reichskommissariat Ostland: l'autorità tedesca perdurò fino a quando l'Armata Rossa non avanzò verso ovest del 1944, ma alcune truppe della Wehrmacht e dei loro collaborazionisti rimasero bloccati nella sacca di Curlandia lasciando l'area solo al termine della guerra, nel maggio del 1945.[5] L'incorporazione sovietica (in tedesco: Annexionsbesetzung) o occupazione sui generis[6][7] degli Stati baltici durò fino all'agosto 1991, quando i tre paesi riottennero la propria indipendenza.
Nel periodo di rivalutazione della storiografia sovietica iniziato durante la perestrojka nel 1989, Mosca condannò il protocollo segreto del 1939 approvato con Berlino.[27][28] Ciononostante, l'Unione Sovietica non ha mai considerato ufficialmente la sua presenza nei paesi baltici alla stregua di un'occupazione o di un'incorporazione forzata,[29] sostenendo che la RSS Estone, Lettone e Lituana chiesero di propria volontà di unirsi a Mosca. La RSFS Russa classificò nel 1991 gli eventi accaduti nel 1940 come "annessione".[30] I revisionisti storici[31] russi e i libri di testo scolastici continuano a sostenere, sulla scia della posizione assunta in epoca sovietica, che negli Stati baltici si verificarono delle rivoluzioni socialiste orchestrate dai popoli locali in maniera del tutto estranea all'influenza di altre potenze.[32]
La Federazione Russa, Stato successore dell'URSS, e i suoi funzionari statali insistono sul fatto che le procedure di accorpamento delle tre repubbliche fosse avvenuta in maniera conforme al diritto internazionale[33][34] e che esse (le procedure) ottennero il riconoscimento de iure negli accordi stipulati nel febbraio 1945 a Jalta, nel luglio-agosto del 1945 alla Potsdam e in ultimo, negli Accordi di Helsinki del 1975,[35][36] i quali dichiaravano l'inviolabilità delle frontiere fisicamente esistenti.[37] La Russia accettò poi la richiesta dei membri già partecipanti di "assistere le persone deportate dagli Stati baltici occupati" al momento dell'adesione al Consiglio d'Europa nel 1996.[38][39][40] Inoltre, quando la RSFS Russa firmò un trattato separato con la Lituania nel 1991, riconobbe in maniera espressa che l'annessione del 1940 violò la sovranità lituana e riconobbe la continuità de iure dello Stato lituano.[41][42]
La maggior parte dei governi occidentali sosteneva che la sovranità baltica non fosse scomparsa[43] e quindi continuò a riconoscere gli Stati baltici come entità politiche sovrane rappresentate dalle legazioni - nominate dai governi operanti prima del 1940 - che operavano a Washington DC e altrove.[44][45] Estonia, Lettonia e Lituania recuperarono de facto l'indipendenza nel 1991 durante le fasi di dissoluzione dell'Unione Sovietica; la Russia iniziò a ritirare le truppe presenti nella regione geografica (a partire dalla Lituania) nell'agosto 1993, con il ritiro completo terminato esattamente dodici mesi più avanti.[46] La Russia ha ufficialmente concluso la sua presenza militare sul posto nell'agosto 1998 disattivando la stazione radar Skrunda-1 operativa in Lettonia. Le installazioni smantellate furono rimpatriate in Russia e il sito tornò sotto il controllo lettone, con l'ultimo soldato russo che lasciò il suolo baltico nell'ottobre 1999.[47][48]
«La maggior parte dei paesi occidentali non aveva riconosciuto l'incorporazione degli Stati baltici nell'Unione Sovietica, una posizione che irretì i sovietici senza mai diventare un punto di attrito invalicabile»
^(EN) Congresso degli USA, Baltic States, 3ª ed., W.S. Hein, 1972.
«L'occupazione militare forzata e la successiva annessione degli Stati baltici da parte dell'Unione Sovietica rimane ancora oggi [lo scritto è del 1972] una delle gravi questioni irrisolte del diritto internazionale»
«La Corte ha dichiarato: (256 N.Y.S.2d 196): "Il Governo degli Stati Uniti non ha mai riconosciuto l'occupazione dell'Estonia e della Lettonia avvenuta con la forza da parte dell'Unione Sovietica delle Repubbliche Socialiste, né riconosce l'incorporazione della Lettonia e dell'Estonia nell'Unione delle Repubbliche Socialiste Sovietiche. La legalità degli atti, delle leggi e dei decreti dei regimi fantoccio istituiti in quei paesi dall'URSS non è riconosciuta dagli Stati Uniti, dai funzionari diplomatici o consolari che operano come governo in esilio"»
^Marek, p. 396: "Poiché l'Unione Sovietica sostiene che non si tratta di territori direttamente annessi, ma di enti autonomi con una propria volontà giuridica, essi (le RSS baltiche) devono essere considerate creazioni fantoccio, esattamente nello stesso modo in cui è stato classificato come tale il Protettorato italiano dell'Albania".
«I funzionari russi continuano a sostenere che gli Stati baltici sono entrati nell'URSS volontariamente e legalmente alla fine della seconda guerra mondiale e non hanno riconosciuto che l'Estonia, la Lettonia e la Lituania sono state sotto l'occupazione sovietica per cinquant'anni»
«L'amministrazione Putin si è ostinatamente rifiutata di ammettere l'occupazione sovietica della Lettonia, della Lituania e dell'Estonia dopo la seconda guerra mondiale. Putin ha riconosciuto che nel 1989, durante il mandato di Gorbačëv, il parlamento sovietico ha denunciato ufficialmente il patto Molotov-Ribbentrop del 1939, atto che ha portato all'incorporazione dei tre Stati baltici nell'URSS»