L'Olocausto in Boemia e Moravia si riferisce agli eventi legati alla deportazione, all'espropriazione e alla morte di 80.000 ebrei, la maggior parte della popolazione prima della seconda guerra mondiale, tra il 1939 e il 1945 nelle regioni cecoslovacche annesse alla Germania.
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Prima dell'Olocausto, gli ebrei in Boemia furono la comunità ebraica più integrata d'Europa, dove l'antisemitismo fu sentito in maniera minore. Le prime leggi anti-ebraiche furono imposte dalla Cecoslovacchia in seguito all'accordo di Monaco del 1938 e all'occupazione tedesca dei Sudeti. Dopo l'invasione tedesca e l'occupazione del resto delle regioni ceche nel 1939, fu istituito il Protettorato di Boemia e Moravia. In seguito all'invasione, seguirono ulteriori misure anti-ebraiche, imposte principalmente dall'amministrazione del protettorato formata sia da funzionari tedeschi che cechi: gli ebrei furono privati delle loro attività e delle loro proprietà, furono obbligati ai lavori forzati e furono soggetti a varie normative discriminatorie tra cui l'obbligo di indossare la stella gialla dal settembre 1941, molti furono sfrattati dalle loro case e trasferiti in alloggi scadenti.
Circa 30.000 ebrei, dei 118.310 della popolazione precedente all'invasione, riuscirono ad emigrare. La prima deportazione degli ebrei avvenne nell'ottobre del 1939 nell'ambito del Piano Nisko. Nell'ottobre 1941, iniziarono le deportazioni di massa degli ebrei verso il ghetto di Łódź. Da novembre, i trasporti partirono destinati al ghetto di Theresienstadt, un ghetto/campo di transito che per molti rappresentò un punto di sosta temporaneo prima della deportazione nei ghetti, nei campi di sterminio e negli altri luoghi di sterminio nell'est. Entro la metà del 1943, la maggior parte degli ebrei rimasti nel protettorato sfruttarono i matrimoni misti per sfuggire alla deportazione.
Complessivamente, durante l'Olocausto morirono circa 80.000 ebrei provenienti dalla Boemia e dalla Moravia. Dopo la guerra, gli ebrei sopravvissuti, in particolare quelli che si identificarono come tedeschi prima della guerra, affrontarono molti ostacoli per riavere le loro proprietà e per integrarsi di nuovo nella maggioranza ceca: alcuni furono deportati durante l'espulsione dei tedeschi dalla Cecoslovacchia, la maggior parte degli ebrei emigrò prima o dopo il colpo di stato comunista del 1948.
Il ricordo dell'Olocausto è stato soppresso nella Cecoslovacchia comunista, ma è diventato più sentito dopo la caduta del comunismo nel 1989.