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Le isole San Juan (inglese: San Juan Islands) costituiscono un arcipelago situato nell'angolo nord-occidentale degli Stati Uniti d'America, al confine con il Canada ed a poca distanza dall'isola di Vancouver; fanno parte dello Stato di Washington.
Nell'arcipelago quattro isole sono accessibili dai visitatori tramite il servizio di traghetti del Washington State Ferries.
Lo United States Geological Survey (USGS) ha definito le isole San Juan come l'arcipelago situato a nord dello stretto di Juan de Fuca, ad ovest dello stretto di Rosario, ad est dello stretto di Haro e a sud del Boundary Pass. A nord di esso si trova il mare aperto verso lo stretto di Georgia. Tutti questi bacini fanno parte del mare dei Salish.
La definizione data dal USGS dell'arcipelago di San Juan coincide con quella data dalla Contea di San Juan. Le isole che non fanno parte della contea non fanno parte dell'arcipelago secondo la definizione dello USGS.