Nella Lazio ha iniziato anche la carriera da allenatore, divenendone il tecnico con più apparizioni. In cinque anni ha conquistato una Coppa Italia (2018-2019) e due Supercoppe italiane (2017 e 2019), diventando l'unico biancoceleste ad aver vinto entrambi i trofei nazionali sia da calciatore che da tecnico.[2] Nel 2021 si è trasferito all'Inter, con cui ha vinto un campionato italiano (2023-2024), due Coppe Italia (2021-2022 e 2022-2023) e tre Supercoppe italiane (2021, 2022 e 2023), oltre ad aver raggiunto una finale di UEFA Champions League (2022-2023); con sei trofei vinti è tra gli allenatori più vincenti della storia dell’Inter dietro solo a Helenio Herrera e Roberto Mancini (sette).[3]