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Simone Paganini (Busto Arsizio, 29 settembre 1972) è un teologo italiano, di fede cattolica romana, è uno studioso dell'Antico Testamento.
Nel volume intitolato Qumran. Le rovine della luna (del 2014) ha esposto i risultati dei più recenti scavi archeologici condotti scientificamente nel sito di Qumran, che smentiscono la teoria degli Esseni.