Kepupusan Holosen adalah peristiwa kepupusan yang berlaku pada zaman Holosen (sejak tahun 10.000 SM). Terdapat banyak spesies flora dan fauna yang pupus, dan sebahagian besar habitat mereka berada di hutan hujan. 875 kepupusan telah tercatat oleh Kesatuan Pemuliharaan Alam Sekitar Antarabangsa dari tahun 1500 hingga 2009.[1] Walau bagaimanapun, sebahagian besar kepupusan tidak tercatat sejarah. Menurut teori spesies-wilayah, tahap kepupusan pada masa ini kira-kira sebesar 140.000 spesies per tahun.[2]
Dalam ertikata luas, istilah kepupusan Holosen juga meliputi musnahnya megafauna yang bermula kira-kira 11,500 tahun yang lalu kerana perubahan iklim pada akhir zaman ais. Kepupusan tersebut juga dikaitkan oleh aktiviti manusia dan kadang-kadang disebut peristiwa kepupusan kuartener atau kepupusan zaman ais. Namun, kepupusan Holosen masih berterusan hingga abad ke-21.
Tidak ada kesepakatan umum mengenai apakah kepupusan Holosen merupakan peristiwa kepupusan yang berbeza atau merupakan sebahagian dari peristiwa kepupusan kuartener atau hanya merupakan evolusi semulajadi sahaja. Secara keseluruhan, kepupusan Holosen diakibatkan oleh perubahan iklim dan aktiviti manusia.[3]
Kajian menunjukkan bahawa tahap kepupusan saat ini terus meningkat.