Empayar Jepun menakluk dan menduduki Indonesia, pada masa itu dikenali sebagai Hindia Timur Belanda, sewaktu Perang Dunia Kedua, dari Mac 1942 sehingga tamatnya Perang dalam tahun 1945. Tempoh ini ialah satu daripada tempoh yang paling penting dalam sejarah Indonesia. Belanda yang ditakluk Jerman tidak berupaya untuk mempertahankan tanah jajahannya daripada serangan tentera Jepun, dan kurang tiga bulan daripada serangan-serangan pertama terhadap Borneo[1] tentera laut dan tentera darat Jepun berjaya mengatasi angkatan Belanda dan sekutu-sekutunya. Pada mulanya, sebahagian besar orang Indonesia beras optimis, malah ada yang menyambut kehadiran Jepun dengan perasaan riang gembira dan menganggap mereka sebagai pembebas rakyat Indonesia daripada belenggu kolonial Belanda. Perasaan ini berubah apabila orang Indonesia terpaksa menhadapi kesukaran hidup bagi membantu usaha perang Jepun. Dalam tahun 1944–45, tentera Bersekutu lazimnya memintas Indonesia dan tidak bertempur masuk ke dalam kawasan-kawasan yang ramai penduduk seperti pulau Jawa dan Sumatera. Oleh demikian, sebahagian besar Indonesia masih kekal di bawah pemerintahan Jepun semasa Empayar Jepun menyerah kalah pada bulan Ogos 1945.
Penaklukan ini merupakan cabaran serius pertama terhadap kuasa Belanda di Indonesia—ia menamatkan pemerintahan kolonial Belanda—dan, pada penaklukan ini berakhir, timbul pelbagai perubahan luar biasa sehinggakan peristiwa penting, Revolusi Nasional Indonesia, suatu peristiwa yang mustahil wujud hanya tiga tahun sebelumnya, menjadi kenyataan.[2] Pihak Jepun, tidak macam Belanda, mempermudahkan pempolitikan orang Indonesia sehingga ke tahap kampung. Di Jawa khususnya, dan juga di Sumatera, Jepun mendidik, melatih dan memberi senjata api kepada ramai orang muda dan memberikan suara kepada ketua-ketua nasionalis tempatan. Justeru, pihak Jepun meletakkan asas buat kemerdekaan Indonesia melalui kemusnahan rejim kolonial Belanda dan penggalakan nasionalisme Indonesia. Kemerdekaan Indonesia diisytiharkan selang beberapa hari penyerahan kalah Jepun di kancah Pasifik. Walau bagaimanpun, Belanda cuba mengambil semula wilayah Hindia dan sebuah pergelutan diplomasi, tentera dan sosial yang pahit yang berlangsung selama lima tahun muncul sehinggalah Belanda mengiktiraf kemerdekaan Indonesia dalam bulan Disember 1949.
<ref>
tidak sah; tiada teks disediakan bagi rujukan yang bernama Klemen Borneo