Een apostolische prefectuur is een afgebakend territorium dat als missiegebied wordt beschouwd en waar missionaire arbeid wordt verricht. Aan het hoofd ervan staat een apostolisch prefect. Deze prefect is een geestelijke, die in opdracht van de Katholieke Kerk aan het hoofd staat van een missiegebied.
Na de oprichting van een apostolische prefectuur kan men overgaan tot de oprichting van een apostolisch vicariaat.