Biologische pigmenten, of kortweg pigmenten, zijn biologische kleurstoffen, kleurstoffen die worden aangemaakt door organismen. De belangrijkste plantaardige kleurstoffen zijn de fotosynthetische pigmenten, die zorg dragen voor de fotosynthese. Biologisch pigment komt ook voor in veel dierlijke weefsels en organen, zoals de huid, ogen, bont, haar. Cellen van verschillende groepen organismen uit het dierenrijk, die pigment bevatten en dus een kleur hebben, worden ook wel chromatoforen genoemd.
Pigmenten ontlenen hun kleurwerking aan de absorptie van bepaalde golflengtes van het zichtbare licht. Een kleurstof die alle golflengten absorbeert geeft een zwarte kleur, een kleurstof die alle golflengten reflecteert is wit. Een pigment dat vooral rode, oranje en gele golflengtes absorbeert, zal een groenblauwe kleur vertonen. Pigmenten vertonen dus de kleuren van het spectrum die niet geabsorbeerd maar juist weerkaatst worden.