Een boekhouder of boekhoudster verzorgt de boekhouding van een of meerdere ondernemingen of zelfstandigen.
Een boekhouder doet ander werk dan een accountant. Een boekhouder moet zich beperken tot samenstellende werkzaamheden terwijl de accountant een verklaring mag afgeven die iets zegt over de betrouwbaarheid van de gegevens. Bij controleplichtige bedrijven of instellingen is een accountantsverklaring bij wet verplicht, of wordt soms door belanghebbenden geëist. Een boekhouder mag deze verklaring niet afgeven. Het is dus zo dat een accountant wel alle werkzaamheden van een boekhouder mag doen, maar op dit punt dus niet andersom.
In veel bedrijven in het midden- en kleinbedrijf bestaat de administratie uit één enkel persoon. Al dan niet bijgestaan door een vol- of deeltijdse medewerker voor (delen van) het inboekwerk, is deze persoon volledig verantwoordelijk voor de gehele administratie. Bij grotere bedrijven werkt de boekhouder onder leiding van de financieel manager of controller. De allergrootsten hebben een interne accountantsdienst onder verantwoordelijkheid van een CFO.
De werkzaamheden omvatten veelal het boeken en verwerken van alle gegevens, debiteurenbeheer en crediteurenbetalingen, maar daarnaast ook rapportages en de meeste belastingaangiftes. Bedrijven of instellingen van enige omvang hebben hiervoor soms een fiscaal jurist in dienst of besteden het uit aan een belastingadviseur. Dat laatste gebeurt steeds vaker: mede dankzij de opkomst van automatisering in software verandert de rol van boekhouder steeds meer van iemand die enkel cijfers verwerkt. Hierdoor ontstaan ook steeds meer specialisaties waardoor er steeds minder allround boekhouders zijn.