Affiniteit in een (bio)chemische context betekent de sterkte waarmee twee macromoleculen of kleinere moleculen en een macromoleculen, aan elkaar koppelen. Dit gebeurt enkel door middel van niet-covalente interacties, zoals waterstofbruggen, hydrofobe krachten en interacties tussen ionen.
Voorbeelden zijn interacties tussen een enzym en zijn substraat, of tussen een receptor en zijn ligand.