De commissie-Prodi is de Europese Commissie die haar werkzaamheden aanving op 16 september 1999 met een mandaat tot 21 november 2004.
Deze commissie telde 20 leden, bestaande uit een voorzitter, de Italiaan Romano Prodi (naar wie de commissie is genoemd), en 19 overige leden. In 2004 werden 5 leden vervangen en zijn er door de uitbreiding van de Europese Unie (1 mei 2004) met 10 lidstaten evenzoveel personen als 'gastcommissaris' aan de Commissie toegevoegd.