De endosymbiontentheorie[1][2] (symbiogenese) is de theorie die de herkomst verklaart van mitochondria en chloroplasten in eukaryote cellen door endosymbiose. Deze theorie wordt tegenwoordig algemeen geaccepteerd. Volgens de endosymbiontentheorie stammen deze organellen bij eukaryoten (zoals planten, schimmels en dieren) af van in deze cellen opgenomen prokaryoten als endosymbionten. Ook verklaart de endosymbiontentheorie hoe eukaryoten (zoals planten, schimmels en dieren) geëvolueerd zijn uit bacteriën:
De celkern zou ontstaan zijn uit het ringvormige DNA-molecuul doordat het zich op een bepaalde plaats aan het celmembraan had gehecht. Het kernmembraan is te beschouwen als een ingestulpt celmembraan. Ook het endoplasmatisch reticulum zou door instulping van het celmembraan zijn ontstaan.
In de cel opgenomen cyanobacteriën (fotoautotrofe prokaryoten) zouden zich tot chloroplasten hebben ontwikkeld.
Verdere endosymbiose:
Onder secundaire endosymbiose verstaat men de opname van een alg (fotoautotrofe eukaryoot) door een heterotrofe eukaryotische cel. Het voorkomen van een nucleomorf maakt dit aannemelijk: een rudimentair overblijfsel van een celkern van de opgenomen alg.
Tertiaire endosymbiose. Het geheel kan nog verder gecompliceerd worden door de opname van de door secundaire endosymbiose ontstane cel door weer een andere gastheercel. Dit verschijnsel is aannemelijk gemaakt voor dinoflagellaten, waar de chloroplasten door meer dan twee membranen kunnen zijn omgeven.