De FOX-genen of forkhead box-genen zijn een genfamilie die een cruciale rol spelen in de ontwikkeling van dieren. Enkele FOX-genen zijn ook gevonden in schimmels. Het zijn regulatorgenen, waarvan de eiwitten de expressie van andere genen beïnvloeden en zijn betrokken bij de celgroei, celstrekking, celdifferentiatie en levensduur van de cel. Veel FOX-genen beïnvloeden de embryonale ontwikkeling.
De naam FOX is een afkorting van forkhead box, genoemd naar de aard van hun werking. FOX-eiwitten bestaan uit 80 tot 100 aminozuren die zich aan het DNA hechten, waardoor de genexpressie van andere genen wordt beïnvloed.
De FOX-genen worden ingedeeld in 17 groepen, FOXA tot en met FOXS. De totale werking en functie van deze genen is nog niet in kaart gebracht, maar van veel genen is al wel bekend waar ze invloed op hebben. Omdat deze genen een grote invloed hebben op de ontwikkeling van het individu is de tolerantie voor mutaties erg laag. Daardoor zijn de genen in de loop van de evolutie over het algemeen weinig gedivergeerd en goed geconserveerd en herkenbaar in verschillende soorten. Ze zijn derhalve goed geschikt voor het opstellen van evolutionaire stambomen.
Mutaties in FOX-genen zijn verantwoordelijk voor een reeks van erfelijke ziekten die bij de mens zijn gevonden.