Ferdinand Jacob Nieuwenhuis (Woerden, 9 augustus 1848 - Utrecht, 16 februari 1919) was een Nederlands architect. Tussen 1890 en 1915 was hij directeur van gemeentewerken in Utrecht.
Nieuwenhuis studeerde aan de Polytechnische School te Delft en aan de Bauakademie in Berlijn. In 1890 werd Nieuwenhuis de Utrechtse stadsbouwmeester en directeur van gemeentewerken als opvolger van Cornelis Vermeijs. In deze betrekking hield hij zich onder meer bezig met de restauratie van de Domtoren.