Guanotrofie is een begrip uit de ecologie waarmee een toestand wordt bedoeld waarbij een bepaald milieu onderhevig is aan een hoge depositie van beschikbare nutriënten die afkomstig zijn uit de ontlasting van vogels of vleermuizen.
Wanneer er in een bepaald milieu sprake is van guanotrofie, dan noemt men het milieu guanotroof. Als een organisme of levensgemeenschap min of meer is aangewezen tot guanotrofe milieus (en dit dus als habitat nodig heeft), dan is het guanotrafent.