Het heiligdom van de Grote Goden van Samothrake (Oudgrieks: ἱερὸν τῶν Μεγάλων Θέων; hieròn tôn Megálôn Théôn), gelegen op het eiland Samothrake binnen het grotere Thracië, was een van de belangrijkste pan-Helleense heiligdommen. Hoewel het direct ten westen van de stadsmuren van Samothrake was gebouwd, was het onafhankelijk, zoals blijkt uit het feit dat ambassadeurs van de polis Samothrake erheen werden gezonden tijdens festivals.
Het stond in heel de Griekse wereld in aanzien vanwege zijn mysteriecultus, een chtonische cultus die niet minder vermaard was dan die van de mysteriën van Eleusis. Vele ons bekende Grieken waren er ingewijd, onder anderen de historicus Herodotus (een van de weinige auteurs die enkele aanwijzingen naliet over de aard van de mysteriën), de Spartaanse generaal Lysander en verscheidene Atheners. De cultus wordt vermeld bij Plato en Aristophanes.
Tijdens de hellenistische periode maakte het een spectaculaire ontwikkeling door toen het, nadat Philippos II in de mysteriën was ingewijd, een soort nationaal Macedonisch heiligdom werd waar de opvolgers van Alexander de Grote wedijverden om elkaar in vrijgevigheid te overtreffen. Het bleef een belangrijke cultusplaats tot het einde van de Romeinse periode - keizer Hadrianus bezocht het en de schrijver Varro beschreef een deel van de mysteriën - voordat het aan het einde van de late oudheid uit de geschiedenis verdween.