Inharmoniciteit is het niet harmonisch zijn - geen gehele verhouding hebben - van de boventonen van een geluid met zijn grondtoon. Muziekinstrumenten brengen als gevolg van oorzaken eigen aan de constructie boventonen voort met frequenties die niet noodzakelijk exact gelijk zijn aan gehele veelvouden van de frequentie van de grondtoon.
Met name slaginstrumenten zoals kerkklokken en andere klokken, bellen en trommels produceren complexe en veelal inharmonische geluiden. Wel streeft de constructeur ernaar de gewenste harmoniciteit in de constructie zo goed mogelijk te benaderen.
Ook bij snaarinstrumenten is er sprake van inharmoniciteit, met name naarmate de snaar dikker en korter en minder strak gespannen is. Om een zo rein mogelijk harmonisch spectrum te krijgen moeten snaren dus lang en dun zijn met een maximaal werkbare spanning. Om die reden wordt een concertvleugel als hoogwaardiger beschouwd dan een huiskamerpiano.