Koemelkallergie of koemelkeiwitallergie is een voedselallergie waarbij er sprake is van een ongewenste reactie op eiwitten uit koemelk door een abnormale reactie van het immuunsysteem van het lichaam. Koemelkallergie is de meest voorkomende voedselallergie bij baby’s. Koemelkallergie is iets anders dan lactose-intolerantie, het onvermogen om melksuiker te verteren.
Mensen die melkproducten mijden dienen, in verband met de opbouw van botten en tanden, voldoende alternatieve bronnen van calcium te benutten zoals groene bladgroenten, havermout en sojamelk.