De Natura 2000-gebieden in Nederland zijn Natura 2000-gebieden die door de Nederlandse regering zijn aangemeld bij de Europese Commissie als speciale beschermingszone, habitatrichtlijngebieden. Daarnaast waren er al Vogelrichtlijngebieden aangewezen. Gecombineerd leidde dit tot 162 Natura 2000-gebieden, die Nederland aanwees in de periode 2008 - 2010.
Van de 162 bij Europa aangemelde gebieden heeft de Nederlandse regering er per december 2010 56 definitief aangewezen. Voor één gebied is een procedure tot intrekking van de aanmelding begonnen. De doelstelling dat alle 162 gebieden in december 2010 officieel zouden zijn aangewezen is niet gehaald.
Op 22 december 2008 heeft de minister nog eens vier nieuwe gebieden aangemeld bij de Europese Commissie. Op 22 december 2009 besloot de Europese Commissie deze vier nieuwe mariene habitatrichtlijngebieden te plaatsen op de lijst van gebieden van communautair belang: Doggersbank, Klaverbank, Vlakte van de Raan en Noordzeekustzone 2.