Dit artikel bevat een lijst van vlaggen van Indonesische gemeenten. In januari 2023 waren er 514 administratieve afdelingen van het tweede niveau (416 regentschappen en 98 steden) in Indonesië. De onderstaande lijst groepeert regentschappen en steden in Indonesië per provincie. Elk regentschap heeft een administratief centrum, de regentschapszetel. De onderstaande lijst groepeert regentschappen en steden in Indonesië per provincie.