Dit artikel bevat een lijst van vlaggen van Japanse prefecturen. Elke moderne Japanse prefectuur heeft een unieke vlag, meestal een tweekleurig geometrisch, sterk gestileerd ontwerp (mon), waarin vaak de karakters van het Japans schrift zijn verwerkt en dat op minimalistische bedrijfslogo's lijkt. Een opvallend kenmerk van deze vlaggen is dat ze een kleurenpalet gebruiken dat gewoonlijk niet in vlaggen voorkomt, waaronder oranje, paars, groenblauw en bruin. Sommige prefecturen hebben ook alternatieve officiële vlaggen die "symboolvlaggen" worden genoemd (Japans: シンボル旗, Shinboru hata). Deze kunnen worden gebruikt bij minder formele gelegenheden. Beroemde symboolvlaggen zijn onder andere die in Tokio.