In de geofysica is een magnetische anomalie een lokale variatie in het magnetisch veld van de aarde als gevolg van variaties in de chemie of het magnetisme van de rotsen. Het in kaart brengen van variatie over een gebied is waardevol bij het detecteren van structuren die worden verduisterd door bovenliggend materiaal. De magnetische variatie in opeenvolgende banden van de oceaanbodem parallel aan de midden-oceanische ruggen was belangrijk bewijs voor de spreiding van de zeebodem, een concept dat centraal staat in de theorie van de platentektoniek.