Prehistorisch Malta is de geschiedkundige aanduiding voor de prehistorie van Malta die loopt van ca. 5000 tot ca. 700 v.Chr.
Vlak na de laatste ijstijd was het eiland nog door een landbrug met Sicilië verbonden, dat zelf met Italië was verbonden. Het peil van de Middellandse Zee was toen 70m lager. Dwergolifanten, dwergnijlpaarden e.d. in het formaat van een hond kwamen er voor, sporen van mensen zijn echter niet gevonden. Het gebied had een authentieke fauna en flora.
De eerst bekende mensen waren landbouwers die in het Neolithicum tussen 5.200 en 4.100 v.Chr. per schip, vlot of prauw vanuit Sicilië kwamen. Het waren slechts enkele kleine families. De dwergfauna was al uitgestorven door klimaatverandering. Zij brachten gedomesticeerde geiten en schapen mee, grazers die de planten met wortel en al uittrekken, en ook gerst, linzen, tarwe e.d. Er zijn woonsporen in de grot van Ghar Datam. Zij moeten handelsverbindingen met Sicilië hebben gehad: ze voerden obsidiaan in afkomstig van de Liparische eilanden en Pantellaria. Daarvan maakten ze onder andere sikkels en messen, met een hoorn als handvat.