Scheepvaartcertificaten zijn conformiteitsverklaringen om aan te tonen dat een schip, uitrusting en bemanning na onderzoek voldoen aan de door de vlaggenstaat gestelde eisen op het gebied van veiligheid en milieu. De maritieme regelgeving van een vlaggenstaat is gebaseerd op de verdragen die onder de Internationale Maritieme Organisatie (IMO) overeen zijn gekomen, als de vlaggenstaat deze tenminste geratificeerd heeft. De meeste certificaten hebben een beperkte geldigheidsduur waarna hernieuwd onderzoek nodig is om opnieuw een certificaat af te kunnen geven.
Certificaten worden afgegeven door de vlaggenstaat op basis van onderzoek (survey) dat wordt uitgevoerd door de scheepvaartinspectie van het betreffende land. Deel van dat onderzoek kan zijn gebaseerd op de vaststelling van een classificatiebureau of het schip aan de klasseregels voldoet door afgifte van een klassecertificaat. Deze private certificaten onderscheiden zich dus van de publiekrechtelijke certificaten van de vlaggenstaat. Waar voorheen alleen goedkope-vlaglanden het volledige onderzoek uitbesteden aan een klassebureau, gebeurt dit tegenwoordig ook steeds meer door kwaliteitsvlaggen, waardoor dit onderscheid minder duidelijk wordt. Het klassebureau moet dan als erkende organisatie (recognized organization, RO) voldoen aan de Code voor erkende organisaties of RO-code.
De meeste certificaten komen voort uit verdragen en codes van de IMO, waarbij het Internationaal Verdrag voor de veiligheid van mensenlevens op zee (SOLAS) en het Internationaal Verdrag ter voorkoming van verontreiniging door schepen (MARPOL) de belangrijkste verdragen zijn. De eerste gaat over de veiligheid, terwijl de tweede het milieu betreft. Op hun beurt bevatten deze verdragen weer de nodige codes, resoluties en circulaires. Andere certificaten zijn gebaseerd op onder meer verdragen van de Internationale Arbeidsorganisatie (IAO of ILO) en de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO) en op eisen van de classificatiebureaus, verzekeringsmaatschappijen en P&I-clubs. Hieronder worden niet de certificaten genoemd die door vlaggenstaten, scheepvaartinspecties, havenstaatcontroles en verschepers worden vereist buiten de IMO, ILO en WHO om, evenmin als de certificaten die aan boord zijn behorende bij individuele machines, apparatuur, gereedschappen en veiligheids- en reddingsmiddelen.