Een schipper is iemand die op een schip of boot de leiding heeft over, en verantwoordelijkheid draagt voor de vaart, de bemanning en de interne organisatie van het vaartuig. De persoon beschikt in de regel over de kennis, kunde, ervaring en de vereiste diploma's om als gezagvoerder te kunnen en mogen optreden. De term wordt gebruikt in de beroepsvaart, vooral de binnenvaart, bij de Bruine vloot en de recreatievaart, bij de laatste is het min of meer afhankelijk van de grootte van het vaartuig.