De spelling van aardrijkskundige namen in het Nederlands is niet altijd eenvoudig. Spellingshervormingen zijn in Vlaanderen en Nederland, maar ook in Wallonië, Frankrijk en Duitsland, niet op dezelfde manier toegepast op toponiemen. In Nederland heeft men gewoonlijk de oude schrijfwijzen behouden, terwijl in België nieuwe schrijfwijzen werden aangenomen. Toen onder andere de schrijfwijze van het woord "mensch" veranderde in "mens" (België in 1946, Nederland in 1947), werd de nieuwe spelling in België wel doorgevoerd bij plaatsnamen, maar in Nederland werd dit tot nader order uitgesteld. Vandaar dat het nog altijd 's-Hertogenbosch is met -sch en dat men daar Bossche bollen kan eten.
Ook het schrijven van plaatsnamen buiten het Nederlandse taalgebied kan problemen opleveren. Er bestaat namelijk geen regel omtrent het gebruik van Nederlandse namen (exoniemen) en de plaatselijke benamingen (endoniemen). Zo schrijft men in de vijftigste staat van de Verenigde Staten zelf Hawaii, en de sprekers van de oorspronkelijke taal aldaar schrijven liefst Hawai‘i om de glottisslag duidelijk te maken. De Taalunie geeft twee mogelijke vormen: Hawaï en Hawaii. Bij sommige buitenlandse plaatsnamen verkiezen Nederlanders eerder de naam uit een lokale taal en neigen Vlamingen meer naar de Nederlandse naam. Een voorbeeld daarvan is de Noord-Franse stad die Vlamingen doorgaans "Rijsel" noemen en Nederlanders meest "Lille".
De Nederlandse overheden stellen zich enerzijds op het standpunt dat officiële buitenlandse namen normgevend dienen te zijn om misverstanden te voorkomen, anderzijds blijven ingeburgerde namen van vooral grote steden in het buitenland gehandhaafd. Voorbeelden hiervan: Luik, Aken, Keulen, Berlijn, Parijs, Milaan, Londen, Straatsburg, Kopenhagen, Wenen, Boedapest, Praag, Belgrado. Toponiemen die na 1945 werden veranderd omdat plaatsen door territoriale annexaties in een ander land kwamen te liggen, werden in het Nederlands aangepast, hoewel zij soms maar niet consequent in een historische context wel in de oude vorm voorkomen: Danzig naast Gdańsk.
Lastige gevallen zijn plaatsnamen waarvan de schrijfwijze niet meer geheel overeenkomt met de uitspraak. Toronto wordt bijvoorbeeld "Tronno" genoemd en Connecticut "Cennèdicut". Ook in Nederland zijn hier veel voorbeelden van te vinden. Men zegt "Woerkum", "Gorkum" en "Sjaarloos", maar men schrijft Woudrichem, Gorinchem en Charlois. In familienamen zijn de oorspronkelijke uitspraakvormen vaak aangehouden en soms is de officiële plaatsnaam dan moeilijk te herkennen. Opmerkelijk is dat voor deze plaatsen sprekers van Standaardnederlands en soms de plaatselijke politici en bestuurders, vaak teruggrijpen op de geschreven vorm. Waarschijnlijk uit huiver om dialect te spreken, soms omdat men niet anders weet. Soms werden in de Standaard-Nederlandse vorm hypercorrecties doorgevoerd.[bron?] Van dat laatste is 'Ammerzoden' een voorbeeld. Oorspronkelijk was deze naam Ammersooien, waarin het elders ook voorkomende woorddeel ooi/ooien verwees naar graslanden in de uiterwaarden. Om de negatieve associatie met 'zooi' te vermijden, vond de bureaucratie het gepaster er 'zoden' van te maken, waarmee de oorspronkelijke betekenis verloren ging.