De stationaire fase is een onderdeel van een scheidingskolom waar de daadwerkelijke scheiding plaatsvindt. Een matrix (vloeistof met opgeloste stoffen) en een loopvloeistof (eluens) wordt door of langs de stationaire fase geleid, waardoor afhankelijk van de polariteit of de lading de opgeloste stoffen aan de stationaire fase blijven zitten. Er bestaat een evenwicht tussen de concentratie die aan de stationaire fase is gebonden en de concentratie die zich in de mobiele fase bevindt. De stationaire fase is vaak een apolaire laag die op een silicalaag is gebonden.