Een strafkolonie is een kolonie waar een deel van de bevolking bestaat uit veroordeelden die daar bij wijze van straf onder bewaking verblijven.
De recente geschiedenis heeft heel wat strafkolonies gekend als een vorm van kolonialisme. Ze waren gewoonlijk gevestigd in verafgelegen gebieden, vaak eilanden of plaatsen op een onbewoonde kust, en hadden een dubbel doel. Enerzijds het verwijderen van misdadigers en andere ongewenste elementen (zoals politieke tegenstanders) uit de beschaafde wereld en anderzijds de ontwikkeling van kolonies die door hun afstand of klimaat weinig aantrekkelijk waren voor gewone, vrijwillige kolonisten.
Het regime van de gedeporteerden in de strafkolonie kon sterk verschillen, van een regelrecht gevangenisregime met dwangarbeid, tot een stelsel van relatieve vrijheid, waarbij de echte kolonisten zelf in hun onderhoud moesten voorzien. Ontsnappen was door de geografische omstandigheden vrijwel uitgesloten. Soms werden de gedeporteerden verplicht hun hele leven te verblijven in de strafkolonie, ook als ze hun straf hadden uitgezeten.
In een ruimere betekenis wordt een gevangenis of strafkamp in een afgezonderd gebied wel een strafkolonie genoemd.