De vlag van Eijsden is op 8 mei 1984 door de gemeenteraad vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de Limburgse gemeente Eijsden. Aanleiding tot een wijziging van de vlag was de fusie met Gronsveld. Het was een ontwerp van R.J.P.M. Vroomen van de Commissie Heraldiek van het Limburgs Geschied- en Oudheidkundig Genootschap. De beschrijving van de vlag luidt als volgt:
Vijf banen van geel, rood, wit, rood en geel, met een hoogteverhouding van 1:1:6:1:1; op de witte baan aan de broekingzijde een geel wapenschild, waaroverheen een knoestig rood schuinkruis met een hoogte van de helft van de vlaghoogte, vergezeld van drie rode bollen in II, III, en IV op het schild; het schild iets kleiner dan het kruis.
Het is een combinatie van de voorgaande vlag, met daaraan toegevoegd het schild met de drie bollen, geplaatst twee en een, zoals de heerlijkheid Gronsveld het vanaf de vijftiende eeuw tot aan de opheffing voerde. Het schild was ook in het klein geplaatst op het latere gemeentewapen van Gronsveld.
Op 1 januari 2012 ging Eijsden samen met Margraten op in de nieuwe gemeente Eijsden-Margraten. De vlag kwam daardoor als gemeentevlag te vervallen. Elementen uit de vlag keerden terug in de vlag van Eijsden-Margraten.