De vlag van Franeker is op 14 december 1962 per raadsbesluit bevestigd als de gemeentelijke vlag van de gemeente Franeker in de Nederlandse provincie Friesland. Per 1 januari 1984 is de vlag niet langer als gemeentelijke vlag in gebruik nadat de gemeente Franeker in Franekeradeel is opgegaan. Per 1 januari 2018 valt Franeker onder de nieuw opgerichte gemeente Waadhoeke.