De vlag van Kloosterburen werd op 25 oktober 1976 door de gemeenteraad van Kloosterburen vastgesteld als gemeentevlag.
De vlag verviel als gemeentevlag toen in 1990 Kloosterburen werd samengevoegd met Ulrum, Eenrum en Leens tot een nieuwe gemeente Ulrum. Deze gemeente is in 1992 hernoemd tot De Marne. Sinds 2019 valt Kloosterburen onder de gemeente Het Hogeland.