De huidige vlag van Malawi werd oorspronkelijk aangenomen op 6 juli 1964. Tussen 2010 en 2012 was een andere vlag in gebruik.
Toen het Brits protectoraat Nyasaland op 6 juli 1964 als Malawi onafhankelijk werd werd voor het eerst de zwart-rood-groene vlag gehesen. In de bovenste baan bevindt zich een rode opkomende zon met 31 stralen als symbool voor de hoop op een bevrijd en verenigd Afrika (toen de vlag ontworpen werd bevond het dekolonisatieproces zich nog in de beginfase). Het zwart stelt de inheemse zwarte bevolking van Afrika voor, het rood staat voor het bloed dat vloeide in de strijd voor onafhankelijk en het groen verwijst naar de natuur. Het ontwerp werd gebaseerd op de Pan-Afrikaanse vlag zoals ontworpen door Marcus Garvey's Universal Negro Improvement Association and African Communities League, met als verschil dat de rode en de zwarte band van plaats werden gewisseld en natuurlijk de plaatsing van de opkomende zon in de bovenste band. De vlag van Malawi lijkt sterk op de vlag van de nu niet meer bestaande republiek Biafra.