De vlag van Millingen aan de Rijn is het gemeentelijk dundoek van de voormalige gemeente Millingen aan de Rijn in de Nederlandse provincie Gelderland. De vlag werd op 2 juni 1954 per raadsbesluit aangenomen.
De beschrijving luidt:
Vier banen van gelijke hoogte in geel, rood wit en zwart.
De kleuren van de vlag zijn ontleend aan het gemeentewapen.
Op 1 januari 2015 is Millingen aan de Rijn opgegaan in de gemeente Berg en Dal, waarmee de vlag als gemeentevlag kwam te vervallen. Tot 1 januari 2016 droeg de nieuwe gemeente de naam Groesbeek.