De vlag van Nijkerk werd op onbekende datum, maar na verlening van het wapen in 2000 bij raadsbesluit vastgesteld als gemeentelijke vlag van de Gelderse gemeente Nijkerk.
De vlag bestaat uit een blauwe achtergrond. In de broek is het linkergedeelte van het gemeentewapen uit 2000 opgenomen, terwijl aan de linkerzijde van de vlucht de leeuw uit het gemeentewapen is afgebeeld.