Van de vlag van Nootdorp is niet bekend wanneer deze officieel is vastgesteld als de gemeentevlag van de Nederlandse gemeente Nootdorp (provincie Zuid-Holland). De vlag kan als volgt worden beschreven:
Blauw, met twee verstrengelde en naar elkaar toegewende slangen.
De vlag toont hetzelfde beeld als het gemeentewapen.
In 2002 is Nootdorp samen met Pijnacker opgegaan in de gemeente Pijnacker-Nootdorp. De vlag is daardoor als gemeentevlag komen te vervallen. De slangen werden in de vlag van de nieuwe gemeente opgenomen.