De vlag van Pijnacker is op 23 februari 1962 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentevlag van de Nederlandse gemeente Pijnacker, provincie Zuid-Holland. De vlag zou als volgt kunnen worden omschreven:
Blauw met een geel (overstekend) schuinkruis.
Opmerking: De tekening van de vlag volgens Sierksma (blz.107) ziet er iets anders uit dan die vlag volgens Wikipedia.
De vlag is gelijk aan de tekening op het schild van het gemeentewapen.
Op 1 januari 2002 ging Pijnacker op in de gemeente Pijnacker-Nootdorp. De vlag kwam daardoor als gemeentevlag te vervallen.