De vlag van Puttershoek is op 16 oktober 1980 bij raadsbesluit vastgesteld als de gemeentevlag van de Zuid-Hollandse gemeente Puttershoek. De vlag zou als volgt kunnen worden omschreven:
Wit met drie lelies, twee boven elkaar in de broeking, en een in het midden van de vlag.
De vlag is gelijk aan de tekening op het schild van het gemeentewapen. de positionering verschilt echter.
Op 1 januari 1984 ging Puttershoek op in de gemeente Binnenmaas. De vlag kwam daardoor als gemeentevlag te vervallen. Sinds 1 januari 2019 valt Puttershoek onder de gemeente Hoeksche Waard.