De vlag van Sint Jansteen werd nimmer officieel vastgesteld als gemeentelijke vlag van de Zeeuwse gemeente Sint Jansteen, maar werd wel als zodanig gebruikt. De beschrijving luidt:
Twee evenhoge banen van wit en zwart.
De kleuren van de vlag zijn ontleend aan het gemeentewapen. De vlag werd volgens Sierksma vrij algemeen gebruikt.
Op 1 april 1970 ging Sint Jansteen op in de gemeente Hulst, waardoor de vlag als gemeentevlag kwam te vervallen.