De vlag van Wognum is in 1979 vastgesteld als de gemeentelijke vlag van de Noord-Hollandse gemeente Wognum. Aanleiding tot de instelling van een nieuwe vlag was de fusie met Nibbixwoud. De vlag kan als volgt worden beschreven:
Zes diagonale banen van groen en blauw in de zin van de broekdiagonaal, met over het geheel een klimmende leeuw met een hoogte van 4/5 van de vlaghoogte, met in de rechterpoot een groene knoestige stok, alles als gele contouren.
De vlag was een gewijzigde uitvoering van de vlag uit 1975, waarbij de kleuren geel en blauw uit het wapen van Nibbixwoud in de vlag werden verwerkt.
Het gemeentelijk dundoek bleef tot 1 januari 2007 in gebruik, op die dag is de gemeente Wognum opgegaan in de gemeente Medemblik waardoor het gebruik als zodanig is komen te vervallen.