Het Waterhuis bestaat uit twee gebouwen, tegenover elkaar gelegen tussen de Boeveriepoort en de Smedenpoort op de vestingen van Brugge. Het oud waterhuis bevindt zich langs de Hendrik Consciencelaan, ter hoogte van de Fonteinstraat. Het nieuw waterhuis staat langs de Buiten Boeverievest, aan de andere oever van de binnenvestinggracht.